למרות הסיבות הללו, והאיסור הרשמי בחוק, למעשה אפשרו השלטונות הצרפתים פעילות ציונית על ידי העלמת עין. ככל שהלך וגבר המתח בין השלטון הצרפתי לתנועות העצמאות המרוקאיות, גבר האינטרס הצרפתי להתיידד עם הציונים על מנת לזכות באהדת הציבור היהודי, שנתפס בעיניהם כשחקן חשוב במפה הפוליטית השברירית בה בקשו לשלוט. 

תחת שלטון צרפת, הפכה התנועה הציונית המרוקאית מתנועה קטנה ודלה, לתנועה משמעותית שצברה כוח פוליטי בקרב הקהילה היהודית ומחוצה לה. בתחילת דרכה, התנועה הציונית פעלה בעיקר במתכונת של אגודות אזוריות קטנות, שלא היו בקשר זו עם זו. האגודות המקומיות צמחו באופן עצמאי, ועסקו בהוראת עברית, לימוד תכנים ציוניים, וניסיון לקשרים עם התנועה הציונית העולמית. אט אט, הלך וגדל היקף פועלה של התנועה. כנסים בין אזוריים גדולים נערכו מספר פעמים, בם השתתפו פעילים ציונים מהקהילות הגדולות במרוקו, הוקמו תנועות נוער ציוניות, בתי ספר להוראת עברית, ועיתונים ציונים. לאחר מלחמת העולם השנייה, השלטון הצרפתי ניסה לפצות את הקהילה היהודית על היחס שקבלה תחת שלטון וישי, והעלמת העין גדלה אף יותר. העיתונים, תנועות הנוער, ובתי הספר שגשגו. נוצרו קשרים עם שליחים מארץ ישראל, שבאו לעזור להפעיל את התנועה במרוקו, ואף בוצעה עליה בלתי לגאלית. 

לאחר התפוררות השלטון הצרפתי וקבלת העצמאות של מרוקו, נתקלה התנועה בהתנגדות קשה יותר מהמשטר החדש, שלא היה מוכן להעלים עין ולאפשר את פועלה. המרוקאים ראו ביהודים חלק מהמרקם החברתי המרוקאי, בני החסות של המלך, ורצו להשאיר את המצב החברתי בעינו. בתגובה, החלה התנועה להתמקד יותר ויותר בקשריה עם המוסד בניסיון להתחיל עליה מאסיבית של יהודי מרוקו ארצה, שלבסוף התממשה.